生物與食品工程學院始建于1984年，歷經食品工程系、生物化學工程系和生物與化學工程學院。是安徽工程大學最早的四個教學單位之一。學院在30多年的發展歷程中，秉承“尚德敏學、唯實惟新”的校訓精神，以本科生教育為主，大力發展研究生教育，緊密結合專業服務地方社會經濟發展，為“國內知名、省內一流的地方特色高水平大學”建設提供強力支撐。
生物與化學工程學院現有食品科學與工程、生物工程、化學工程與工藝、生物技術、環境工程、應用化學、高分子材料與工程以及生物制藥8個本科專業，擁有生物工程（學術、專業）、食品科學與工程、環境科學與工程、化學4個一級學科碩士點，微生物學二級學科碩士點。發酵工程為省級重點學科，生物工程（輕工技術與工程）、環境科學與工程、應用化學（化學）、食品科學與工程、微生物學為校級重點學科，其中生物工程為校級博士立項支撐學科，并擁有微生物發酵安徽省工程技術研究中心等6個省級研究平臺和1個省級科研創新團隊。
學院現有教職工123人，其中具有高級職稱68人，占教職工比例為61.8%，具有博士學位（含在讀博士）的教師79人，占教職工比例為64.23%；碩士生導師63人（其中校外導師15人），其中省級名師工作室1人，省級教學名師3人，省優秀教師1人，省級教壇新秀4人。并聘請中國科學院吳奇院士、清華大學邢新會教授等一批國內外知名學者擔任兼職教授和碩士生導師。現有全日制本科學生、研究生2750多人。
學院畢業生就業率多年在95%以上，考研率一直居于學校前列，現已向社會輸送畢業生9000余名。廣大教師積極開展教學與科學研究，近年來先后主持國家自然科學基金、國家農業科技成果轉化資金等國家級科技項目40余項，安徽省科技攻關、安徽省自然科學基金等省級科技項目80余項，獲省部級科技進步獎一等獎1項、二等獎4項、三等獎10項，獲授權發明專利80余項，發表SCI和EI收錄論文300余篇。
學院積極貫徹學校“質量立校、人才強校、特色與和諧興校”的辦學理念和“誠實做人、踏實做事、扎實做學問”的育人理念，創建應用化學“拔尖班”。大力開展創新創業教育，舉辦各類學科競賽、校園啤酒節、三民晚會等課外科技文化活動，拓展學生第二、第三課堂。近5年來，多人次在全國節能減排大賽、全國化工設計大賽等學科與技能競賽中獲獎，連續5年本科生一次性就業率均為96%以上，考研升學率達20%以上，CET-4合格率為72.4%，省級計算機二級通過率為98.23%。
目前，學院正在向“深化內涵建設、做強生化學院”的總體目標邁進。
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