動物醫學學院創建于1948年，其前身分別是獸醫系與動物醫學系，1998年正式建院，先后建立了動物醫學、獸醫公共衛生、動物藥學和禽病防治4個專業以及動物醫學七年制“本-碩”連讀班；目前主辦專業為動物醫學專業（含動物醫學七年制“本碩”連讀班）和動物藥學專業。學院擁有我國高等農業院校動物醫學專業學科門類最全的一級學科博士點和博士后流動站，具有5個博士點和11個碩士點。所涵蓋3個二級學科均具有博士和碩士學位授予權，其中基礎獸醫學學科為國家重點學科，臨床獸醫學學科為國家重點學科培育學科，預防獸醫學學科為省級重點學科。在全國獸醫學一級學科中排名中名列前茅。教師中教授有21人，副教授16人。其中，博士生導師16人，碩士生導師28人，擁有國內一流的教學與科研隊伍和條件。1人被評為國家級教學名師，2人被評為省級教學名師，2人獲得省杰出青年基金，4人被評為龍江學者特聘教授，2人被評為省優秀研究生導師。臨床獸醫團隊2008年被評為國家級教學團隊。
動物醫學學院機構設置包括院黨總支、院行政、院辦公室和院團委。設有基礎獸醫學系、預防獸醫學系、臨床獸醫學系及其所屬教研室和動物藥學共計13個教研室，擁有一個動物臨床教學醫院（含兩個門診部）。共有在崗教職工85人，在崗專業教師53名，專業教師中具有博士學位和即將獲得博士學位教師分別是88.7％和7.5%。教師中擔任中國農學會農業教育專業委員會副主任委員1人，黑龍江省有突出貢獻的中青年專家2人，全國獸醫專業學位教育指導委員會委員1人，教育部動物醫學類教學指導委員會委員1人，全國畜牧獸醫學會二級學會理事長、副理事長、秘書長等18人。
近年來，主持承擔國家自然科學重大、重點和面上項目、“973”項目、國家“863”項目、國家杰出青年基金項目、霍英東青年基金、國家教育部科技計劃項目、國家農業部成果轉化資金項目等56項；黑龍江省科技攻關項目、自然科學基金項目、杰出青年基金項目、國家及省博士后基金項目等70余項；各廳局科研項目69項，共計196項。獲教育部與黑龍江省科技進步獎35項。在國內外重要學術刊物上已公開發表科研論文2600余篇，其中國家一級核心刊物759篇，86篇被SCI收錄，36篇被EI收錄。主編“十五”、“十一五”國家統編教材25部，副主編17部，參編41部。出版專著33部。自編實驗教材20余部。
近十年先后主持教育部面向21世紀、新教改工程、質量工程與全國農業高教研究會項目等國家教改項目7項，省級教學項目21項，黑龍江省精品課4門，國家精品課提名5項，主持2項，獲國家級教學成果二等獎1項,省級教學獲獎20余項，教學文章60余篇。
主編“十五”、“十一五”國家統編教材15部，副主編8部，參編21部，出版專著13部。近十年，有22名中青年教師先后到德國、加拿大、美國、俄羅斯、日本等大學和研究所進行攻讀學位、訪問學習或進行博士后研究工作。有來自德國、加拿大、美國、韓國等國外學者進行講學和學術交流。國際禽病協會理事，德國漢諾威獸醫學院Neumann教授、加拿大動物疾病研究所Dr.ABalachandran，Dr.HongshengHuang等先后被聘為本學科名譽教授。
嚴謹認真的辦學態度，獨特的辦學理念，重視理論與實踐相結合，注重教學研究帶動專業進步和發展，在教學管理和教學質量上已形成自身特點和完善與完整的系統，奠定了東北農業大學獸醫五年制本科教學在全國的特殊地位。先后培養了本科生3000余名，碩士生704名，博士生177名，博士后32人。碩士研究生招生規模每年已達100余人，與本科生相當。動物醫學學院已經成為研究教學型學院。
