學院歷史悠久。水產學院的辦學歷史可追溯到創建于1935年的廣東省立高級水產職業學校設立的漁撈科、養殖科，是1997年1月湛江水產學院與湛江農業專科學校實行實質性合并組建湛江海洋大學后學校設立的首批二級學院之一。2005年，學院隨學校更名為廣東海洋大學水產學院。
學科與專業建設邁上新臺階。學院下設水產養殖系、海洋漁業系、海洋生物系和水生動物醫學系4個教學系，以及實驗教學中心、東海島海洋生物研究基地和淡水養殖基地3個教學輔助單位；擁有水產養殖學、海洋漁業科學與技術、水生動物醫學和生物科學4個本科專業；具有水產博士學位點及農業碩士（漁業發展領域）專業學位點。水產為一級學科，是廣東省攀峰重點學科和“珠江學者”設崗學科，2015和2018年連續入選廣東省高水平大學重點建設學科，2018年入選廣東省“沖一流”重點建設學科；在全國第四輪學科評估中全國排名第六位、廣東省排名第一位，2020年入選軟科中國最好學科排名。2020年以水產為主要依托的植物學與動物學學科進入ESI全球排名前1%；以“水產”為主要依托的“獸醫學”學科進入“軟科世界一流學科排名”，排名上升到101-150位，在國內海洋類高校中排名第二。水產養殖學專業是教育部第一批卓越農林人才培養計劃試點專業、國家級特色專業、省級名牌專業，2019年入選首批國家級一流本科專業建設點；海洋漁業科學與技術專業為國家級特色專業，2020年入選國家級一流本科專業建設點；2020年水生動物醫學和生物科學專業均以優秀成績通過廣東省教育廳對新增學士學位專業的審核評估。
科研平臺設施完善。學院共擁有25個國家、省（部）、市（廳）級教學科研創新平臺（基地），包括國家級實驗教學示范中心1個、廣東省重點實驗室1個、廣東省發改委工程實驗室1個、廣東省農業創新中心3個及農業部實驗室2個等。實驗室總面積20000m2，儀器總值10200余萬元。
師資隊伍力量雄厚。學院現有教職工120人（其中專任教師96人，具有博士學位教師86人，一年以上國（境）外訪學教師41人）；正高職稱43人、副高職稱41人；博士生導師42人，碩士生導師68人；聘任講座教授5人，客座教授1人。獲評（批）教育部新世紀人才、全國模范教師、廣東省教學名師、南粵優秀教師等省級及以上人才（榮譽）稱號29人。建有10個特色鮮明的科研教學團隊，其中5個科研團隊被遴選為廣東省創新團隊，5個教學團隊獲評為省級優秀教學團隊。現有學生1986人，其中本科生1562人，碩士研究生368人，博士研究生44人，留學研究生12人。
人才培養成效顯著。學院獲認定省級一流本科課程5門、省級在線開放課程（金課）1門、省級精品課程10門、省級研究生示范課程7門，校級精品開放（在線）課程19門。近5年獲得省級教育教學成果一等獎3項、廣東省本科高校在線教學優秀案例二等獎2個；校級教學成果特等、一等、二等獎21項；獲批教育部新農科研究與改革實踐項目1項、產業學院等省級教改項目12項。近5年畢業生平均就業率均在98%以上，學生參加創新創業、水產技能、水族箱造景大賽等各類省部級以上學科專業比賽獲得獎勵140多項。2014年起實施優秀本科生進實驗室項目，累計立項269項，授權國家發明專利2件，實用新型專利8件。學生以第一作者身份發表論文667篇，其中SCI收錄233篇，CSCD收錄205篇。3名留學生在國際權威期刊ReviewsinAquaculture（IF=7.14）發表綜述。
科學研究碩果累累。近5年，學院承擔國家級、省部級等各級各類科研項目355項，到賬總經費12389萬元；發表論文1012篇，其中三大索引收錄435余篇，主編（參編）教材、專著10余部；授權專利（含計算機軟件著作權）190件，獲科研獎勵32項，其中省部級獎勵10項；馬氏珠母貝“海選1號”和凡納濱對蝦“興海1號”獲批國家級水產新品種。對蝦種苗繁育及養殖、海水名貴魚類的種苗繁育及養殖、海水魚類病害防治、安全優質高效飼料、珍珠貝養殖及育珠、南海漁業資源養護與可持續利用等領域的研究達到了國際先進、國內領先（或先進）水平。成果轉化22項，收入316萬元，直接經濟效益12億元、間接效益230億元。科技成果的廣泛推廣應用，推動了我國南方漁業的可持續發展，取得了顯著的經濟效益和社會效益。目前僅湛江地區的海水珍珠產量即占全國三分之二，對蝦種苗產量、養殖面積、養殖產量、飼料產量、加工規模、出口量和交易量等七個方面均排名全國第一，為湛江打造“對蝦之都”、“南方海谷”做出了重要貢獻。
對外交流日趨活躍。學院實施對外合作戰略，加強全方位的合作與良性互動，促進協同創新，實現學科又好又快發展。主辦、承辦國內國際高水平會議、比賽10多場次，邀請知名專家、學者及企業高管蒞臨學院開展講座、報告50多場次。先后與中國水產總公司、通威股份公司、海大集團、恒興集團、利洋集團、大北農集團、海茂投資公司、威浪仕公司、鮪豐水產公司等國內外著名企業進行科技創新和人才培養合作，引領產業創新，促進產業轉型升級，培養適應社會需求的高端漁業人才；與東卡羅萊納大學（美國）、奧本大學（美國）、迪肯大學（澳大利亞）、香港中文大學、臺灣海洋大學等20余所國（境）外高校及中山大學、中國海洋大學、中國科學院、中國水產科學研究院等40多所國內高校、科研院所在人才培養和科學研究方面保持合作，建立長期的學術交流與協同育人機制。如與美國東卡羅萊納大學（ECU）簽訂3+2學生聯合培養協議，與澳大利亞迪肯大學簽署“基于學分減免的本科雙學士校合作項目”協議等。近5年共派出19名研究生、14名本科生赴東卡羅萊納大學和臺灣海洋大學等（國）境外院校交流學習。
水產學院與國外著名高校簽署的聯合培養項目：①美國東卡羅萊納大學（3+2）項目，廣東海洋大學學習3年，東卡羅萊納大學學習2年，分別獲廣東海洋大學學士學位和東卡羅萊納大學碩士學位。國外學費和生活費（含醫療保險）每年生均約43000美元。②澳大利亞迪肯大學（2+2）項目，廣東海洋大學學習2年，迪肯大學學習2年，分別獲廣東海洋大學和迪肯大學學士學位。
