1956年12月，河南省鄭州衛生學校遷至鄭州市緯五路東段，更名為河南省鄭州第一衛生學校，增設藥劑士專業，學制三年。這是河南大學藥學院藥學專業的前身。
1958年6月，經河南省人民政府批準，河南省鄭州第一衛生學校升格為大學專科，更名為河南省醫藥專科學校，設醫療、藥學2個專業。
1959年2月，河南省文教部決定，河南省醫藥專科學校遷至開封，更名為開封醫藥專科學校。
1984年，開封醫藥專科學校藥學專業改建為藥學系。
1992年，開封醫藥專科學校更名為開封醫學高等專科學校。
2000年7月，開封醫學高等專科學校與河南大學合并，開封醫學高等專科學校藥學系更名為河南大學醫學院藥學系。
2001年4月，河南大學醫學院藥學系改建為河南大學藥學院，開始藥學本科教育。2003年，獲批碩士學位授予點。2015年獲批博士學位授權點。
2016年10月，更名為河南大學醫學院藥學院。
發展概況
經過60年發展，藥學院已成為中國教育學會藥學教育分會常務理事單位、全國杜仲產業技術創新戰略聯盟副理事長單位，中華中醫藥學會中藥教育專業委員會副秘書長單位，河南省藥學會副理事長單位，河南省藥學會中藥資源專業委員會主任委員單位，河南省執業藥師協會副會長單位。2005年6月，劉昌孝院士受聘擔任藥學院名譽院長。
學院現有教職工102人，其中教授18人，副教授40人，博士54人，在讀博士4人。有黃河學者2人、校特聘教授5人；國家新藥評審專家7人，國家保健食品和化妝品評審專家7人；國家執業藥師工作專家5人、河南省執業藥師工作專家5人。目前,在校全日制本科生879人，來自27個省（直轄市）、自治區；在校博士、碩士研究生188人。在校成人教育學生1200多人。
學院有藥學、藥物制劑、中藥學、臨床藥學4個本科專業。擁有藥理學、天然藥物化學、生藥學、生物化學、藥事管理學等省、校級教學質量工程項目35項。設有9個教研室、教學實驗室和科研實驗室等2個實驗室、分析測試中心。代管河南大學實驗動物中心。
學院有藥物系統生物學二級學科博士學位授權點，藥學、中藥學2個一級學科碩士學位授權點，中藥學、教育碩士（醫藥衛生領域）專業學位碩士點。2017年4月，中藥學專業順利通過教育部中藥學類專業教學指導委員會組織的專業認證。中藥學、藥學為河南省重點一級學科。中藥藥效物質與創新藥物研究團隊、藥食兩用資源研究開發團隊等兩個團隊為河南省高校創新團隊。
學院建有杜仲栽培與利用河南省工程實驗室、河南省中藥藥效國際聯合實驗室、河南省藥學實驗教學示范中心、河南省中藥學虛擬仿真實驗教學中心、河南省藥食兩用資源功能國際聯合實驗室、中央與地方共建高校特色優勢學科藥物制劑實驗室、河南省藥物物質基礎重點實驗室（培育）、河南省高校無機離子工程技術研究中心、河南省高校杜仲栽培與利用工程技術研究中心、河南省抗腫瘤中藥藥效物質研究院士工作站，開封菊花藥食功效開發開封市重點實驗室和開封市保健食品功效成分研究實驗室。
學院治學態度嚴謹，學術氛圍濃郁。五年來，先后承擔國家自然科學基金、國家973項目、國家科技支撐計劃、國家行業性公益專項、國家中藥標準化項目、創新藥物等國家級課題73項。發表論文500多篇，其中SCI93篇，出版論著32部，授權發明專利35項，獲得各類科研教學獎勵62項。注重提升服務地方經濟社會發展能力，堅持政產學研用有機結合，橫向項目總金額近千萬元，杜仲、菊花、連翹、辛夷等深加工項目已成為區域經濟科學發展、農民增收的重要支柱，彰顯了學院的專業優勢和社會服務能力。
學院設有泰豐獎學金、羚銳獎學金、新春都藥學人才獎學金、常樂制藥獎學金等企業獎學金。堅持文化育人、實踐育人，培養應用型、創新型、復合型人才，畢業生動手能力強、綜合素質高。多年來，本科生考研率穩定在39%左右，就業率穩定在98%左右。涌現出原河南省藥監局局長張澤書，河南省衛計委主任闞全程，河南泰豐集團董事長徐攀峰，揚子江藥業集團廣州公司總經理臧鑫炎等一大批中高級醫藥行業經營管理人才和業務骨干。12000多名校友遍布海內外。
