獸醫學院辦學歷史悠久。1952年由原中山大學、嶺南大學和廣西大學的畜牧獸醫系合并成為華南農學院畜牧獸醫系。1987年成立華南農業大學獸醫系，1993年更名為動物醫學系，2001年更名為獸醫學院。學院立足華南地區，以熱帶、亞熱帶地區動物疾病基礎理論和綜合防控關鍵技術研究為重點，以科技創新型和復合應用型專業人才培養為中心，以服務產業經濟和區域發展為追求，不斷前行、努力奮進。
學院辦學特色鮮明、學科實力強，在國內外享有較高聲譽。獸醫學一級學科為廣東省攀峰重點學科，下設基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學、獸醫藥學和微生物學五個二級學科，其中預防獸醫學為國家重點學科。建有國家獸藥殘留基準實驗室(華南農業大學)、國家獸藥安全評價(環境評估)實驗室(華南農業大學)、國家獸醫微生物耐藥性風險評估實驗室、國家禽流感專業實驗室(廣州)、國家非洲豬瘟區域實驗室(廣州)、人獸共患病防控制劑國家地方聯合工程實驗室、動物生物安全三級實驗室(ABSL-3)等7個國家級科研平臺，廣東省動物源性人獸共患病預防與控制重點實驗室、廣東省獸藥研制與安全評價重點實驗室、農業部獸用疫苗創制重點實驗室、農業部畜禽產品質量監督檢驗測試中心(廣州)等13個省部級科研平臺。獸醫學科在教育部第四輪學科評估為A-，全國排名第三;2015年學科的ESI排名進入全球大學科研機構前1%;2019年軟科世界一流學科世界排名第44位。
學院1952年開始招收動物醫學專業本科生，2002年在國內首先設置動物醫學專業小動物疾病防治方向，2004年設置動物醫學專業動物藥學方向，2005年設置動物藥學專業。1981年基礎獸醫學、預防獸醫學、臨床獸醫學獲碩士學位授權點。獸醫藥理學與毒理學、禽病學碩士學位授權點和博士學位授權點為該學科全國最早設立的授權點。2000年獸醫學獲一級學科博士學位授權點;2000年獲批獸醫碩士專業學位授權點;2003年獸醫藥學獲博士、碩士學位授權點;2004年獲批獸醫博士專業學位授權點;2004年微生物學獲博士學位授權點。得益于與時俱進的教育思想、卓越的教育教學體系、雄厚的師資力量、先進的教學設施與平臺、豐富的校園文化以及廣泛的國際交流，學院為專業人才培養創造了優越條件。近七十年的辦學歷史中，培養了諸如國家首席獸醫師、大學校長、長江學者、國家杰青、國家優青、珠江學者、企業家等大量杰出人才，為民族復興和鄉村振興做出了重要貢獻。
學院重視科技創新和社會服務。建設了一批開放性的高端學術平臺，匯聚了行業里的大量杰出人才和科研團隊，主持承擔了國家重點研發計劃項目、973計劃項目、國家自然科學基金重點項目等大量國家及省部級科研項目，國家、省部級科研獎勵和科技成果等指標始終處于全國獸醫院校前列。近5年承擔各類課題397項，總經費近3億元。禽流感防控、新發/再發重大動物疫病的監測與預警、黏菌素和四環素耐藥機制、獸用抗菌藥安全評價、動物疾病模型建立等研究處于國際先進水平，部分研究達到國際領先。在Nature、Lancet、LancetInfectDis、NatMicrobiol、PNAS等雜志發表SCI論文500余篇;獲國家二類新獸藥證書2個、三類新獸藥證書2個、四類新獸藥證書3個、授權專利80項;獲國家科技進步二等獎1項，廣東省科技進步一等獎5項、二等獎2項，廣東省農業推廣一等獎3項、二等獎3項。禽流感病毒H5亞型滅活疫苗(D7株+rD8株)、狂犬病dG株基因工程疫苗成功實施轉化，產生巨大經濟效益。國際上首次發現的質粒介導黏菌素耐藥機制，促進多國用藥政策調整;率先提出“1110”活禽市場管理制度，首次納入地方法規《廣東省家禽經營管理辦法》，并被國家衛計委和農業部采納，在全國推廣應用。
