船舶與海洋工程學院的前身造船系是1959年4月18日受海軍委托而創建（朱九思院長曾兼首任系主任）。經劉穎、程天柱、鄭際嘉等船舶領域知名專家以及一批批科技人員的辛勤工作而發展至今。1980年，造船系改名為船舶工程系，1984年改名為船舶與海洋工程系，1997年，以船舶與海洋工程學科為主體，成立交通科學與工程學院。2008年4月8日，華中科技大學船舶與海洋工程學院正式成立。
學院分別于1981年、1984年獲得碩士學位、博士學位授予權，是全國第一批有學位授予權的學科點，1995年建立船舶與海洋工程博士后流動站，1998年船舶與海洋工程被批準為湖北省重點學科，1990年獲輪機工程碩士授予權，2000年獲一級學科博士、碩士學位授予權，2007年，船舶和海洋水動力實驗室獲批湖北省重點實驗室（籌），2008年船舶與海洋結構物設計制造被批準為省重點學科，2010年，“船舶和海洋水動力湖北省重點實驗室”通過驗收。2013年，獲批“船舶與海洋工程”一級學科湖北省重點學科。2014年，參與上海交通大學牽頭的“高新船舶與深海開發裝備協同創新中心（2011計劃）”獲得教育部、財政部認定。2015年，參與上海交通大學牽頭的“中國海洋裝備工程科技發展戰略研究院”獲得中國工程院批準。2016年，獲批國防科工局“船舶設計與制造”主干類國防特色學科。2017年，參與中船重工750試驗場牽頭的“海洋工程裝備檢測試驗技術國家工程實驗室”獲得國家發改委認定。2018年，“船舶數據技術與支撐軟件湖北省工程研究中心”獲得省發改委認定。學院是兩大國際組織ITTC和ISSC的成員單位。
學院現設有船舶與海洋工程、輪機工程2個本科專業，船舶與海洋結構物設計制造、輪機工程、水下工程三個碩士點和博士點。目前學院有教職工50余人，其中教授10人，副教授22人，在校學生1千余人。學院曾獲國家科技進步一、二等獎4項，省級科技進步特等獎1項，一、二、三等獎30余項。
