環境科學與工程學院前身為1958年建立的昆明工學院化學工程系（簡稱“化工系”）。1978年冶金部決定并經原國家教委同意，無機物工學專業改辦為環境監測與環境治理專業，學校將化工系更名為環境工程系。1990年更名為環境工程及化學工程系，1999年更名為環境科學與工程學院。2002年在國內率先開設再生資源科學與技術專業。學院設有環境工程系、環境科學系和再生資源科學與技術系。
我國實行改革開放40年，給學院的建設和發展提供了歷史性的機遇和挑戰。至今學院擁有本科、碩士、博士及博士后等層次完整的人才培養體系。擁有環境科學與工程一級學科博士點、能源與環保領域工程博士專業學位點、環境科學與工程一級學科碩士點、生態學一級學科碩士點，建有環境科學與工程博士后流動站和兩個院士工作站；環境工程為國家重點（培育）學科，環境科學與工程為云南省一類重點學科和A類高峰學科，全國第四輪學科評估，名列B+，位居全國10-20%；2019軟科中國最好學科排名，環境科學與工程排第26名，前13%。
學院現有教職工88人，其中專任教師75人，正高職27人，副高職26人，講師26人，博士學位獲得者66人。現有國家杰出青年基金獲得者、科技部中青年科技創新領軍人才、“何梁何利”基金科學與技術創新獎、“百千萬人才工程”國家級人選、萬人計劃教學名師、國家級教學名師、國家優秀青年基金獲得者、教育部“新世紀優秀人才培養計劃”入選者、國務院特殊津貼享受者各1人，云南省科技領軍人才2人、云南省百名海外高層次人才4人，云南省“興滇人才獎”、云南省敬業奉獻模范、云南省產業領軍人才各1人、云南省中青年學術和技術帶頭人12人，云南省“高層次人才引進計劃”青年人才9人，云南省“萬人計劃”青年拔尖人才10人；擁有云南省高等學校名師工作室1個。
六十年來，學院在人才培養、科學研究、社會服務、文化傳承創新、國際交流合作等方面取得了豐碩成果。已培養和輸送各級各類人才9000余人。獲得國家級教學成果獎一等獎、二等獎各1項，省級教學成果獎3項；國家技術發明獎二等獎1項，省部級科技成果獎27項；承擔國家、省部級科研項目1000余項，出版論著50余部，發表SCI/EI收錄論文500余篇，專利授權1000余項；近五年科研經費規模達2.14億元。
學院擁有固體廢棄物資源化國家工程中心、冶金及化工行業廢氣資源化國家地方聯合工程研究中心、西部典型行業環境污染控制協同創新中心、云南省土壤固碳與污染控制重點實驗室、云南省工業廢氣凈化及資源化利用工程研究中心、國家環境保護工業資源循環利用工程技術（昆明）中心、云南省高校環境污染防治重點實驗室、云南省高校環境土壤科學重點實驗室、云南省高校水污染控制技術及應用工程研究中心、云南省高校惡臭揮發性有機物控制重點實驗室等國家和省部級科研平臺。學院目前總建筑面積18000余m2，擁有國內領先的環境風洞等科研設施，儀器設備固定資產總值超過4000萬元。擁有昆明理工大學土壤環境與生態安全、昆明理工大學工業廢氣凈化及資源化利用、昆明理工大學水環境新型污染物防治等省級創新團隊3個，云南省高校工業污染場地修復科技創新團隊1個，校級創新團隊6個。
學院被列為云南省環境科學與工程高新技術創新人才培養基地。環境工程專業為國家一流本科專業、國家高等學校特色專業、云南省區域特色高水平大學品牌專業，入選教育部“卓越工程師教育培養計劃”，首批通過國家工程教育專業認證。再生資源科學與技術（資源環境科學）專業為云南省一流本科專業、云南省重點建設專業、云南省特色專業，入選云南省人才培養模式創新實驗區。已建成“固體廢物處理與處置”國家精品課程和國家級精品視頻公開課；“環境毒理學”為云南省雙語教學示范課程；建有環境工程國家級實驗教學示范中心；“廢物資源化及綜合利用教學團隊”入選國家級教學團隊；“環境科學與工程教師團隊”入選教育部首批“全國高校黃大年式教師團隊”；“環境土壤與生態安全創新團隊”被中華全國總工會命名為“工人先鋒號”，入選中華全國總工會“全國模范職工小家”和教育部“全國黨建工作樣板支部”。
學院與眾多國內外著名大學和科研機構建立了涵蓋本科生、研究生、教師等群體，涉及聯合培養、科研項目合作、學術交流等多個層次的穩定友好合作關系。
學院秉承“環澤天下，學達四境”的院訓，搶抓歷史機遇，以立德樹人為根本，以學術立院為宗旨，以科教興院為目標，以人才強院為戰略，朝著建設一流學科、一流本科、培養一流人才的奮斗目標穩步前進。
