南京大學商學院起源于1902年三江師范學堂時期的商科，1952年中國大學院系調整時，南京大學的經濟學科和管理學科調整到其他院校。1978年，南京大學恢復經濟學系；1986年，成立管理學系；1988年，成立南京大學國際商學院；2000年，國際商學院更名為商學院。
自1988年成立以來，南京大學商學院逐步形成了多學科協調發展的格局，目前設有經濟學院和管理學院，其中經濟學院有經濟學系、國際經濟貿易系、金融與保險學系、產業經濟學系4個系以及人口研究所，管理學院有工商管理系、會計學系、營銷與電子商務系和人力資源管理學系4個系。全院擁有本科專業11個，碩士點（含MBA，EMBA，MPAcc，國際商務，金融，審計）17個，一級學科博士學位授權點3個（理論經濟學、應用經濟學、工商管理），二級學科博士點12個，博士后流動站3個（理論經濟學、應用經濟學、工商管理），國家重點學科2個（政治經濟學、企業管理），國家重點培育學科1個（世界經濟），國家級基礎學科人才培養基地1個（經濟學），教育部人文社會科學重點研究基地1個（南京大學長江三角洲經濟社會發展研究中心），國家級協同創新中心1個（參與南開大學牽頭的“中國特色社會主義經濟建設協同創新中心”），國家級教學團隊1個，教育部長江學者創新團隊1個。
商學院擁有一支學術水平高、影響力大、年富力強的師資隊伍。現有全體教師149人，其中教授68人（博士生導師53人），副教授57人，助理教授14人，教育部社科委委員2人（副主任委員1人），國務院學位委員會學科評議組成員1人，教育部長江學者特聘教授6人，人事部百千萬人才工程國家級人選4人，國家級有突出貢獻的中青年專家1人，國家級教學名師獎獲得者3人，享受國務院特殊津貼專家14人，入選教育部“跨世紀優秀人才培養計劃”2人，教育部“高校青年教師獎”獲得者1人，入選教育部“新世紀優秀人才支持計劃”13人，國家“萬人計劃”教學名師1人，哲學社會科學領軍人才2人，青年拔尖人才1人，南京大學人文社科資深教授2人。
商學院人才培養成效顯著。目前在校生約5000人，其中本科生1587人，研究生（含專業碩士）3383人。商學院已先后獲得國家級教學成果獎一等獎1次，教育部高等教育教學成果二等獎4次，江蘇省高等教育教學優秀成果特等獎1次，一等獎3次。入選全國優秀博士學位論文4篇、提名論文2篇，入選全國“百篇優秀管理案例”19篇。
商學院還與荷蘭馬斯特里赫特管理學院、美國康奈爾大學、約翰·霍普金斯大學、密蘇里大學、德國哥廷根大學開展了多項合作，共同培養優秀的國際化管理人才。2013年6月10日，南京大學商學院正式獲得國際精英商學院協會（簡稱“AACSB”）認證。
一直以來，南京大學商學院以“創造商學新知，拓展學生才能，引領社會未來”為使命。全院師生員工正在奮發圖強，凝心聚力，為打造“國內領先，國際一流”的商學院而努力奮斗！
