土木工程學院設有森林工程、土木工程(交通土建工程方向、建筑工程方向)、工程管理、給排水科學與工程、測繪工程6個本科專業和方向。其中，土木工程專業為江蘇省首批特色專業、江蘇省品牌專業，并于2013年5月通過了國家住房與城鄉建設部高等教育土木工程專業評估；森林工程專業為江蘇省品牌專業、國家特色專業建設點；工程管理專業為江蘇省特色專業，并于2016年6月通過住房城鄉建設部高等教育工程管理專業評估；2012年，森林工程、土木類專業（土木工程、工程管理、給排水科學與工程）遴選為江蘇省“十二·五”重點專業。學院獲國家級教學成果二等獎1項，江蘇省教學成果特等獎、一等獎各1項，二等獎2項。目前在校本科生和研究生近2000人。近幾年，有9人獲中國土木工程學會高校優秀畢業生獎；10多人獲得實用新型專利；每年有80余人次在國家級、省級學科專業競賽中獲獎；2017年學院考研錄取率達33%。
學院現有教職工102人，其中教授18人，副教授級高級職稱44人。有江蘇省“教學名師”1人，江蘇省“333高層次人才培養工程”培養對象2人，江蘇省“六大人才高峰”培養對象6人，江蘇省“青藍工程”8人，5名教師被遴選為學校4個一百人才工程，外聘國內外兼職教授多人。
學院現有1個博士點學科（森林工程），2個一級學科碩士學位點（土木工程、交通運輸工程），森林工程、管理科學與工程2個碩士點；3個工程碩士領域學位授予點（建筑與土木工程、林業工程、交通運輸工程），其中森林工程學科為國家重點學科和國家林業局重點學科，國家“雙一流”建設學科中的二級學科。多年來學院共培養了500多名博士、碩士，現有在讀博士碩士生近300人。
學院設有森林工程、交通土建工程、建筑工程、工程管理、測繪工程、給排水科學與工程6個系，有土木工程實驗中心、森林工程實驗中心和測繪工程實驗中心等3個實驗中心，其中土木工程實驗中心為江蘇省省級實驗教學示范中心。設有水運研究所、道路與橋梁工程研究所、巖土與地下工程研究所、綠色建筑與結構研究所、江蘇正本南林大凈水研究中心、測繪工程研究所等6個研究所（中心）。
近幾年，學院獲得國家自然科學基金資助近30項；每年開展縱向課題研究30余項，發表（出版）學術論文（教材、論著）150多篇（部），年科研及科技服務經費800多萬元。近幾年承擔地方政府和企業委托的科研和科技服務項目近100項。多年來參與了二灘水電站，滬寧高速等多條高速公路，南京第二、第三、第四大橋、蘇通大橋、崇啟大橋等跨江跨海大橋，南京地鐵、蘇州地鐵、無錫地鐵、寧波地鐵、皖惠城際軌道，汶川及玉樹地震災區重建等國家重點工程建設項目的科技攻關和建設任務，曾獲部省級科技進步獎5項，并多次得到江蘇省和南京市政府的表彰。
學院與美國、俄羅斯、芬蘭、澳大利亞、匈牙利、新加坡、加拿大、日本、法國、意大利等國的高校及科研機構建立了長期友好合作關系。
