南京農業大學金融學院的發展歷史可上溯至20世紀初期。1921年秋，金陵大學設立我國第一個農業經濟學系，卜凱教授開始從事農業保險方面的調查研究。1929年秋，中央大學農學院設立農政科，開設農村金融等課程。1952年，金陵大學農學院、南京大學農學院和浙江大學農學院部分系科合并成立南京農學院，下設農業經濟系等。1984年，南京農學院更名為南京農業大學，農業經濟系增設農村金融專業，同年開始招收農村金融和會計審計方向碩士研究生，1985年開始招收金融專業本科生，1998年取得金融學碩士學位授予權，2002年開始招收農村金融專業博士生，2004年取得會計學碩士學位授予權，2010年獲金融學博士學位授權點。2012年10月，成立南京農業大學金融學院。
金融學院現有金融學、會計學和投資學三個本科專業。其中2006年金融學專業列為江蘇省品牌專業，2010年會計學專業列為江蘇省特色專業，2012年金融學專業和會計學專業又成為江蘇省重點建設專業。
金融學院目前擁有金融學博士、金融學碩士、會計學碩士、金融碩士（MF）、會計碩士（MPAcc）等多層次的研究生培養體系，為中國農業銀行總行、中國人民銀行南京分行等舉辦金融學碩士班，為政府有關部門、銀行、保險公司、證券公司、會計審計事務所等培養了眾多高層次的金融、會計和審計方面的專業人才。
金融學院現有專職教師及研究人員40多名，其中教授12人，副教授12人，博導9人，碩導26人，具有博士學位教師占90.3%，擁有海外學習經歷教師占32.2%，江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人1人，江蘇省“333工程”培養對象1人，江蘇省“青藍工程”優秀青年骨干教師1人，南京農業大學“鐘山學術新秀”3人。學院目前共有重點共建基地14家，包括中國農業銀行江蘇省分行、江蘇銀行、紫金信托公司、紫金農商銀行、蘇寧集團、畢馬威會計師事務所等。
金融學院教師依托江蘇省高校哲學社會重點研究基地——江蘇省農村金融發展研究中心、南京農業大學中國金融和區域經濟研究中心、南京農業大學財政金融研究所等研究平臺開展研究工作。近幾年來，學院教師主持國家社科基金重大項目、國家社科基金重點項目、國家自然科學基金、國家社科基金一般項目、教育部、農業部、世界銀行等各種省部級以上課題90多項，在《管理世界》、《金融研究》、《會計研究》及國外高水平專業期刊上發表研究論文300余篇，獲得省部級等各種獎勵30多項。
