1959年交通部在上海組建上海海運學院，航海系、輪機系孕育而生。1995年4月，因學校進行教學資源優化與改革，將原航海系、輪機系合并成立了商船學院。學院經過二十多年的發展，現設有院辦公室、航海技術系、輪機工程系、學生工作部、資料室等教學運行機構，同時還設有國家級實驗教學示范中心、國家級虛擬仿真實驗教學中心、航運仿真技術教育部工程研究中心、智能海事搜救與水下機器人上海市工程中心（共享）、航海科學研究所、中法聯合伽利略系統與海上安全智能交通研究所、上海海事大學國際海事研究中心、上海海事大學-挪威船級社國際合作中心、上海海事大學海洋環境風險研究與評估中心、船舶控制工程研究所、中華人民共和國海事調查實驗室、上海海事大學全球航行狀況研究中心、上海海事大學船舶動力工程研究所等教學協作與科研學術機構。
目前，商船學院現設有交通運輸工程、船舶與海洋工程2個一級學科博士點。其中包括交通信息工程及控制、載運工具運用工程、輪機工程、船舶與海洋結構物設計制造等4個二級學科博士點。設有動力工程及工程熱物理、船舶與海洋工程、交通運輸工程3個一級學科碩士點。其中包括工程熱物理、熱能工程、動力機械及工程、制冷及低溫工程、交通信息工程及控制、載運工具運用工程、輪機工程、船舶與海洋結構物設計制造等8個二級學科碩士點。設有交通運輸工程、船舶與海洋工程等2個專業學位碩士點。同時，載運工具運用工程為上海市重點學科，輪機工程為上海市教委重點學科。
航海類特色專業招收與培養保持長期穩定。學院每年招收航海技術專業本科生10個班（每班約35人，以下同）、輪機工程專業本科生8個班、船舶電子電氣工程專業2個班，能源與動力工程專業3個班。
目前，學院有教職工236人，其中專職教師168人（其中航海91人+輪機77人）、實驗員40人、思政教師16人、行政人員7人、專職科研和研究中心等機構人員5人。在專職教師中教授28人（其中航海16人+輪機12人）、副教授57人（航海28人+輪機29人），高級工程師或高級實驗師6人；具有博士學位85人，具有碩士學位及在讀博士生110余人；持有海船船長證書25人，大副證書8人，輪機長證書18人，大管輪證書5人。航海類專業教師涉及雙師型人員137人（總計189人）占比約70%。
商船學院國際交流與合作項目日益擴大和深入，極大促進了學院的國際化辦學水平。近年來，有來自IMO（國際海事組織）、美國麻省海事學院、美國圣地亞哥海事學院等不同國家的外籍專家、教師來院進行短期講學；目前，學院與美國麻省海事學院、丹麥哥本哈根輪機工程學院、日本東京海洋大學、臺灣海洋大學、韓國木浦海洋大學等知名院校建立了良好的定期互派各類專業的國際交流留學生互訪、學習的穩定合作關系。
