管理學院前身為我國最早成立的系統工程系和系統工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學家錢學森專程到校考察系統工程本科專業學生培養工作，并在上海機械學院系統工程研究所成立大會上發表講話。同年學院辦學即開展了國際化辦學。12月，學校與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。
1981年，學院與麻省理工學院等美國、加拿大高校合作，開始舉辦全英文授課MBA項目；1983年美國《華爾街日報》發表專題報道，認為“此舉開創了中國MBA教育的先河”。
1992年5月系統工程系和系統工程研究所合并成立系統科學與系統工程學院，1999年5月更名為管理學院，2004年原上海醫療專科學校管理系劃歸管理學院，2005年1月22日，由中國科學院系統科學研究所和上海理工大學合作組建，并由錢學森同志親自題詞命名的“上海系統科學研究院”在學校掛牌。2006年1月與學校商學院合并重組成立新的管理學院。商學院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀30年代的滬江大學城中區商學院，1997年商學院與原上海機械高等專科學校的管理系合并重組成立新的商學院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。
學院下設10個系和一個中心：信息管理與信息系統系、工業工程系、會計系、工商管理系、公共管理系、財政稅務系、金融系、國際經濟與貿易系、系統科學系、交通系統工程系，專業學位教育中心。另設有上海系統科學研究院、中國機械工業會計審計研究中心、教育部國別和區域研究中心-中國周邊經濟研究中心、上海市工程管理學會、上海市人民政府發展研究中心——上海理工大學“基于互聯網+的上海創新發展”決策咨詢研究基地、上海高校人文社會科學重點研究基地——上海理工大學電子商務發展研究院、企業創新能力研究中心、超網絡研究中心、復雜系統科學研究中心、創業教育研究中心等研究機構。
學院已實現多類型、多層次辦學模式。學科涉及四個學科門類：管理學門類下的管理科學與工程、工商管理、公共管理3個學科；經濟學門類下的應用經濟學1個學科；理學門類下的系統科學1個學科；工學門類下的交通運輸工程學、系統工程學2個學科。
學院設有11個本科專業，一級學科博士學位授權點2個(管理科學與工程、系統科學)，一級學科碩士學位授權點4個（應用經濟學、公共管理、工商管理、交通運輸工程），專業學位類別碩士學位授權點10個（工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國際商務碩士、金融碩士、會計碩士、交通運輸工程、工業工程、項目管理、物流工程），博士后流動站2個(管理科學與工程，系統科學)。其中管理科學與工程是上海市高原學科、系統科學是上海市高峰學科（一流學科）；應用經濟學（經濟系統運行與控制）是上海市教委重點學科。在全國高校第四輪學科評估中“管理科學與工程”排名第19，“系統科學”排名第3。2016年，學院獲批“十三五”上海民政科研基地。
汪應洛院士任名譽院長、院務委員會主任。目前學院有教職工238人，專任教師202人，其中國務院學科評議組成員1人，教育部教指委委員1人，全國優秀教師1人，入選教育部“新世紀優秀人才支持計劃”1人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠育才獎1人，教育部高校骨干教師1人，機械部跨世紀人才學術帶頭人2人，寶鋼優秀教師4人，曙光學者6人，上海市教育系統首屆“科研新星”1人，浦江學者3人，上海市教學名師1人，上海市育才獎5人，入選上海市青年科技啟明星計劃2人，晨光學者1人。全院具有正高級職稱人員31人，副高級職稱87人，具有博士學位178人。
近三年，學院申請立項國家級項目20項，其中國家自然科學基金項目14項，國家社會科學規劃項目6項，各類科研項目到款數共計2823萬元；完成發明專利4項；完成軟件著作權18項；有50多份咨詢報告被政府采納；出版專著43部、編著41部、譯著2部。學院共發表論文1784篇，其中A類503篇，B類1082篇；檢索高級別論文SCIE201篇，SSCI40篇。
2018年5月，學院正式通過AACSB國際認證，標志著上海理工大學成為非教育部高校中首個通過AACSB國際認證的大學。
學院現有1個本科中美合作辦學項目，1個中瑞雙學位國際合作辦學項目。2018年，與美國威斯康辛大學、法國布雷斯特商學院、美國新澤西州立羅格斯肯頓商學院簽訂了合作協議，每年邀請大量外籍教師來院為合作辦學項目授課和講學，選派大量學生赴境外學習交流，接收了來自瑞典、德國、美國等國家的國際交流生百余人來院學習。
