本系前身可溯至1899年秋京師大學堂設立的史學堂,是近代中國最早建立的史學教育科系。1900年夏京師大學堂遭八國聯軍毀壞。1902年末，中國政府在恢復京師大學堂的章程中，規劃設立史學目，1903年改設中國史學門和萬國史學門。次年夏，京師大學堂開始進行預備科和師范館的史學教育。1910年3月，京師大學堂分科大學（相當于四年制本科）的中國史學門開始招生。
辛亥革命后，京師大學堂1912年5月改為國立北京大學。新文化運動中，北京大學的史學教育多方吸取近代世界新的科學理論、方法和知識，力求使學生獲得廣博的基礎知識，打下厚實的學術功底，練就精深的專業能力。五四運動后，1919年8月，校評議會依新制將中國史學門改稱史學系。
1937年7月，北京大學史學系的建設被日本全面侵華戰爭所打斷。部分師生隨校內遷，與清華大學、南開大學的相關科系合組為國立西南聯合大學的歷史社會學系。抗戰勝利后，北大史學系1946年隨校北上復原。
1949年初，北平和平解放，北京大學進入新的發展時期。1952年全國高等學校進行院系調整時，由于清華大學歷史系和燕京大學歷史系一部分骨干教師的匯入，北京大學歷史學系的師資陣容進一步壯大，在國內外的學術地位益發突出。隨著形勢的發展，考古專業1983年從本系分出，獨立成系。
在中國近百年的歷史進程中，本系培育了一代又一代具有歷史目光和淵博知識的人才，在各條戰線都發揮了積極作用。從本系畢業的學生中，成長出一批批著名學者、革命者、愛國志士和社會賢達。在本系的教師行列里，涌現過李大釗、朱希祖、馬敘倫、馬衡、陳寅恪、陳翰笙、傅斯年、李濟、董作賓、孟森、錢穆、陳垣、陳受頤、顧頡剛、馮家升、張星烺、劉崇鋐、毛子水、姚從吾、鄭天挺、翦伯贊、張政烺、向達、鄧廣銘、周一良、齊思和、楊人楩、邵循正、蘇秉琦等杰出的史學家。實事求是的優良學風，嚴謹扎實的治學態度，承前啟后，代代相傳。
本系史學教育的人才培養目標，在總體上盡量兼顧史學教育的學術性和社會性，分層次地培養高質量的史學人才。一是突出學術功能，建立從本科生到碩士、博士生的系統培養模式，在各階段都打好厚實的通史基礎，以利于進一步的專業學習，適應現代社會對學術精英的高層次需要。二是加強本科學生的能力訓練，包括資料搜集、整理、考訂、綜合、分析能力，語言、表述、寫作能力，計算機等輔助工具應用能力, 研究、思維能力等等，并給他們提供一些跨學科的必要知識，滿足社會各界各部門對于具有一定史學功底的應用人才的廣泛需求。三是充分發揮史學的“教化”功能, 從事歷史知識的普及教育, 使史學教育面向非史學專業的高等院校學生乃至全體國民, 承擔提高民族素質和公民文化教養、建設社會主義精神文明的重要任務。
