福建農林大學食品科學學院源于1958年的原福建農學院食品加工專業，是國內最早開辦的食品本科專業之一。1985年設立食品加工系，并開始招收碩士研究生。歷經60 年的辦學歷史積淀和建系后30 余年的發展，形成了“學士-碩士-博士-博士后”完整的人才培養體系，成為福建省特色重點學科，擁有福建省唯一的食品科學與工程一級學科博士點和博士后科研流動站。2017年教育部發布的學科評估中，我校食品科學與工程學科評估結果為B級，位居參評高校的20～30%之間，并列排名第16位，為福建省第一。
學院師資力量雄厚，現有專任教師52人，其中教授16人，副教授20人。專任教師中85%具有博士學位，70%以上具有半年以上海外研修經歷，擁有“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、國家“萬人計劃”科技創新領軍人才、國務院特殊津貼專家、福建省杰出科技人才、福建省科技創新領軍人才等國家級和省級人才13人。同時聘請美國馬里蘭大學、美國農業部東部研究中心、加拿大Guelph大學、愛爾蘭科克大學等國際知名專家學者20人為講座教授，開展學科前沿報告和國際研究合作。
學院擁有優良的科研和人才培養條件，實驗中心建筑面積約7000平方米，設備資產總值達5千多萬元。有國家農產品加工技術研發中心（果蔬加工技術研發分中心），天然生物毒素國家地方聯合工程實驗室（蜂學院合署）等8個科技創新平臺。近年來，學院承擔國家863項目、國家重點研發計劃、國家自然科學基金、福建省重大專項等省部級以上科研課題100多項，獲得福建省科學技術獎一等獎4項，二等獎5項。同時，學院依托學科優勢，通過人才培養和社會服務，在省內食品行業的影響力不斷增強，持續獲得社會力量捐資助學，知名食品企業通過捐贈科研大樓、設立獎助學金或共建教學實踐基地等方式不斷改善教學條件。
食品產業是我國國民經濟中最大的支柱產業和保障民生的基礎產業，專業人才需求體量巨大。目前，學院對接國際工程教育認證標準，以學生為中心，以成果為導向，持續改進教學質量。2018年，我院食品科學與工程本科專業率先在國內農業院校中通過國際工程教育認證，實現本科工程教育學位的國際互認，人才培養與國際接軌。
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