華東理工大學生物工程學院的辦學歷史起源于1955年國內(nèi)最早成立的我校抗生素制造工學專業(yè)。1972年上海科學技術(shù)大學生物系調(diào)入我校，1980年抗菌素專業(yè)更名為生物化學工程專業(yè)，1982年生物化學工程系成立。1986年食品工程專業(yè)招生。1996年生物工程學院成立。
學院（系）于1991年獲批全國第一個生物化工博士點，1995年建成生物反應(yīng)器工程國家重點實驗室，1996年成立國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）。2002年生物化工被批準為國家重點學科，2008年生物工程被批準為國家特色專業(yè)，2015年國內(nèi)第一個生物工程博士學位授權(quán)一級學科獲得批準。
學院（系）堅持生物學與工程學相結(jié)合的辦學理念，突顯生物過程工程學科特色，強化專業(yè)教學與科研、產(chǎn)業(yè)間互動，累計為國家培養(yǎng)出楊勝利院士、李永舫院士、劉昌勝院士為代表的9000多位具有扎實工程學基礎(chǔ)和生物學基礎(chǔ)、注重實踐和創(chuàng)新能力的高素質(zhì)優(yōu)秀人才。
學院現(xiàn)設(shè)生物工程、生物科學、生物技術(shù)、食品科學與工程、食品質(zhì)量與安全5個本科專業(yè)。研究生培養(yǎng)設(shè)置了生物工程（一級學科）、生物化工（二級學科）、生物學（一級學科）、食品科學（二級學科）4個碩士點，生物工程（一級學科）、生物化工（二級學科）、生物化學與分子生物學（二級學科）3個博士點，以及生物工程、食品工程2個專業(yè)學位領(lǐng)域。學院擁有國內(nèi)外頂尖的學科帶頭人和一大批中青年學術(shù)帶頭人及學術(shù)骨干，師資力量雄厚，梯隊結(jié)構(gòu)合理。現(xiàn)有教職工182人，其中專任教師中具有正高職稱40人，副高職稱56人；博士生導(dǎo)師40人、碩士生導(dǎo)師82人。
學院擁有生物反應(yīng)器工程國家重點實驗室和國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）兩個國家級科研基地和若干研究所，承擔了一大批國家級科研項目和重大橫向課題，取得了數(shù)十項省部級、國家級科技獎項。學院正以繼承傳統(tǒng)、保持優(yōu)勢、開拓創(chuàng)新的步伐，朝著建設(shè)國際一流的研究型生物工程學院目標邁進。
