吉林農業大學于1956年建立了農業生產機械化系，1959年開始培養本科生，1985年更名為農業工程系，1994年經吉林省教育廳批準成立了工程技術學院。1985年獲批“農業機械化”碩士學位授權點，2001年獲批“農業生物環境與能源工程”二級學科碩士學位授權點；2005年獲批“農業工程”一級學科碩士學位授權點；2011年在農業工程一級學科下獲批自主設置“機械制造技術”二級學科碩士學位授權點。2020年在作物學學科下增設農藝農機學與智能化技術博士二級學科。目前學院有農藝農機學與智能化技術博士二級學科、農業工程一級碩士學位授權學科含農業機械化工程、農業生物環境與能源工程、農業水土工程、農業電氣化與自動化和機械制造技術等5個二級碩士學位授權學科，有工程碩士（農業工程領域）、農業碩士（農業工程與信息化技術領域）2個專業碩士學位授予權。
歷經60余年的積淀，工程技術學院形成了以農業機械化裝備與保護性耕作技術、農業信息化技術、新能源開發利用和設施農業環境優化控制技術等為優勢特色的教學科研和人才培養的方向。學院設有農業機械化及其自動化、農業建筑環境與能源工程、新能源科學與工程、機械設計制造及其自動化、交通運輸、自動化等6個本科專業。設有1個校級工程訓練中心，6個一級實驗室，42個二級教學和科研實驗室，實驗室面積達7000余平方米，儀器設備價值2700余萬元。學院有4門省級優秀課程，2個省級實驗教學示范中心，3個校級實驗教學示范中心，1個省級卓越工程師培養計劃試點專業，4個校級優秀教學團隊。學院現有在籍本科生1400余名，碩士研究生100余名。學院現有教職工89名，其中專業教師59名，實驗技術人員11名，教學管理人員3名，學生工作管理人員5人。教師隊伍中，有教授10名，副教授22名，獲得博士學位的29名，碩士研究生導師25名，校教學名師2名，長春市師德標兵1名，省級教學名師1名。
“十三五”以來，學院教師主持和參加國家、省部級各類科研項目40余項，獲專利30余件，在國內外學術刊物上發表論文460余篇，編寫教材及公開出版物40余部。學院堅持“以服務地方經濟建設和社會發展為己任”的辦學理念，大力推進以提高教學質量和學生綜合素質為核心的教育教學改革，并堅持寬口徑、厚基礎、強能力、高素質、復合型的育人方向。60多年來，為社會培養和輸出高級專業技術人才12000余名，畢業生一次性就業率達90%以上，為我國農業工程事業做出了積極貢獻。
學院堅持科技為地方經濟建設服務的方針，以農業機械化科技示范區建設為起點，走出了一條“把論文寫在大地上”的科教服務之路，科教興農工作多次受到吉林省政府的嘉獎。學院積極實施開放辦學戰略，全面提升國際化水平，立足吉林，放眼全球，不斷拓展辦學空間，先后與美國、日本、加拿大等國家的多所高校和科研院所建立了交流合作關系。學院參加建設了國家首批援非農業技術示范項目——贊比亞農業技術示范中心。
