2001年3月，中國農業科學院蠶業研究所與江蘇科技大學(原華東船舶工業學院)正式合并。2001年9月，生物技術學院在中國農業科學院蠶業研究所的學術力量基礎上正式建立。2006年9月，環境工程專業并入，學院更名為生物與環境工程學院。2011年3月，化學化工相關專業并入，學院更名為生物與化學工程學院。2014年1月，為了進一步強化我校三大辦學特色之一 “蠶桑及相關生物技術”的發展，將學校生物學科教學培養工作與蠶業研究工作合并整合，重新成立生物技術學院，實行蠶業研究所與生物技術學院兩個牌子一套班子的組織管理模式。新運行模式的實施，更好地發揮了國家級專業研究機構對人才培養工作的作用，促進了多學科融合，提高了科研教學水平與效率，實現了科教相長。經過十余年的建設和發展，生物技術學院已成為專業特色鮮明、教學科研力量雄厚、涵蓋本碩博階段國內學生和國際學生教育的人才培養基地和蠶桑科研基地。
學院現有在職教師及科技人員109人，其中教授、研究員17人，副教授、副研究員44人，有博士學位者69人。目前有博士生導師7人，碩士生導師50余人。擁有國家蠶桑產業技術體系崗位科學家6人，江蘇省特聘教授2人，江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人培養人選3人、江蘇省“青藍工程”優秀青年骨干教師2人，江蘇省“333”工程第三層次培養人選3人，江蘇省“六大人才高峰”3人。
學院下設生物技術系、生物工程系和蠶學系，擁有生物技術、生物工程、蠶學3個本科專業。學院擁有畜牧學一級學科博士學位授權點1個，生物學一級學科碩士學位授權點1個，養殖領域農業碩士專業學位授權點1個。目前學院有本科及碩士博士研究生在校生500余人，碩士博士研究生留學生40余人。
學院和研究所科研力量雄厚。長期承擔國家“973”、“863”、國家科技支撐、國家自然科學基金等國家級和部省級科研項目，組織全國性蠶桑產業關鍵技術攻關，在我國蠶桑產業恢復世界第一地位發揮了核心科技支撐作用，先后取得國家級科技獎勵成果16項、省部級獎勵成果80余項。
學院和研究所科研教學平臺眾多。建有農業部蠶桑遺傳改良重點實驗室、農業部蠶桑產業產品質量監督檢驗測試中心、農業部蠶桑產品及食用昆蟲質量安全風險評估實驗室、國家種質-鎮江桑樹圃(科技部)、國家蠶桑育種中心(農業部)、中國-古巴蠶桑科技合作中心(農業部)、國家蠶桑科技轉化平臺(商務部)、江蘇省蠶桑種質資源基因庫等科學研究平臺，設有江蘇省畜牧學重點(培育)學科、江蘇省蠶桑生物學與生物技術重點實驗室、江蘇科技大學生物技術實驗教學示范中心等教學研究平臺。現有科研設施面積21000余平方米，教學實驗室面積6000余平方米。現有儀器設備總值4000余萬元，擁有氣相色譜-質譜聯用儀、液相色譜-質譜聯用儀、原子吸收分光光度計、離子色譜儀、紅外光譜儀、元素分析儀、流式細胞儀、遺傳分析系統、蛋白質快速純化系統、凝膠成像系統、TOC測定儀、比表面測定儀等先進的儀器設備。此外，學院還建立校內外教學實習基地8個。
豐富的實驗教學內容，良好的教學實習基地，為學院培養實驗技能高、動手能力強、實用與研究型的創新人才奠定了堅實的基礎。近年來，我院學生完成的科研成果分別獲得全國大學生“挑戰杯”課外學術科技作品競賽一等獎、三等獎，全國節能減排大賽二等獎、三等獎，全國大學生生命科學創新創業大賽一等獎、二等獎，江蘇省大學生科技創新論文大賽特等獎等等。有1篇博士論文、3篇碩士論文被評為江蘇省優秀學位論文，5篇本科畢業論文被評為江蘇省本科優秀畢業設計(論文)。全院學生考研率、英語四六級通過率位居全校前列，畢業生深受用人單位好評，本科及研究生的就業率均在97%以上。
生物技術學院，作為江蘇科技大學的特色學院特色學科得到有力支持，經過教職員工十余年的不懈努力，在學科建設、師資隊伍建設、科學研究、人才培養、學院管理等各方面均取得了顯著成績。今后，學院將進一步解放思想，開拓創新，群策群力，真抓實干，爭取做出更大的成績。
