南方醫科大學生物醫學工程學院前身是中國人民解放軍第一軍醫大學于1986年成立的醫學放射工程系，作為國內較早成立生物醫學工程專業的單位，現為生物醫學工程一級學科博士、碩士學位授權點，廣東省攀峰重點學科、教育部高等學校第一類特色專業。
學院秉承“以信息科學為基礎、以醫學成像為龍頭、以臨床應用為依托、以產業需求為引導”的辦學方針，堅持人才培養與科學研究并重發展。先后組建了醫學成像全軍重點實驗室（現廣東省醫學圖像處理重點實驗室）、數字化診療設備教育部工程研究中心等科研平臺，主要針對大型成像設備成像方法與醫學圖像分析展開系統性研究。曾研發了國內首個X刀系統；建立了廣義模糊醫學圖像分析建模理論；提出了低劑量CT成像、快速MRI成像、高分辨率PET成像、跨模態圖像映射等系列創新方法，研究的系統性與深度處于國內領先水平。先后獲得國家科學技術發明二等獎1項，國家科技進步二等獎1項，省部級獎勵10多項；兩度獲得國家重大基礎研究計劃項目的資助；近五年獲得國家重點基金、國家重大儀器專項、國家科技支撐計劃、科技部十三五重點研發計劃等國家級項目90多項；在IEEE-TMI、TIP、TBME、MedicalImageAnalysis,MedicalPhysics、PhysicsinMedicineandBiology等權威期刊上發表學術論文250多篇。獲得國家發明專利授權85項。
學院已建立起完整的“本-碩-博”三級人才培養體系，在校學生1229人。一條培養理工醫結合的復合型、卓越型人才的辦學之路已然成型——《培養理工醫結合的復合型人才研究》獲國家教學成果二等獎（1997年），《生物醫學工程學科卓越人才培養模式的創新與實踐》獲國家教學成果二等獎（2014年）。擁有以國家級教學名師為代表的一批優秀教師，建設有國家級精品課程和國家級精品資源共享課，主編出版了醫學成像系列專著3本，教材20多部。
學科在國內享有較高的聲譽，醫學成像與圖像分析研究水平處于國內領先水平，在人才培養與產業支撐方面均有一定成就，具有較高的學術地位。多名骨干成員先后擔任教育部生物醫學工程專業教學指導委員會副主任委員、中國生物醫學工程學會副理事長、中國圖像圖形學會副理事長、中國生物醫學工程學會醫學圖像處理與控制分會主任委員、科技部醫學成像設備產業聯盟理事長、科技部重大項目醫療器械專項專員組組長等。
學院注重科研成果的轉化，與沈陽東軟等國內知名企業有長期穩定的合作關系，實施橫向合作項目100多項，專利成果轉化20多項。研究成果孵化兩家公司，分別從事醫院信息化管理軟件開發與醫療設備的第三方檢測平臺技術服務，取得了良好的經濟與社會效益。
