南方醫科大學藥學院是原第一軍醫大學轉制移交廣東省后，于2005年6月成立。2010年1月始，學院全面試行學術負責人制（PI制），2014年9月，成為南方醫科大學首批兩個“試點學院”之一。
學院秉承“創新引領發展，特色成就卓越”的理念，以特色內涵建設、教學模式改革、多元協同創新發展以及體制機制創新“四位一體”的改革目標為使命，更新理念，整合資源，匯聚人才，為躋身中國高校最優秀的藥學院行列而奮斗。目前，學院設有8個創新群體，1個本科教學工作部，4個本科學系、9個教學團隊、3個支撐中心。擁有藥學一級學科博士后科研流動站，藥學一級學科博士、碩士學位授權點，藥學碩士專業學位授權點以及藥學（四年制）和臨床藥學（五年制）兩個本科專業。藥學專業為國家首批一流本科專業建設點，廣東省名牌特色專業。學院建有廣東省高等學校藥學化學實驗教學示范中心、廣東省藥學化學虛擬仿真實驗教學示范中心。2017年教育部第四輪學科評估中，藥學學科在參評的105所高校中排名第21位；2019年10月，以新標準首家通過藥學專業認證。2019年11月學院藥理毒理學科進入ESI排名全球前0.37%。學院現有廣東省新藥篩選重點實驗室、廣東省新藥篩選國際聯合實驗室、廣東省國際科技合作基地、廣東省特殊膳食用食品研究生物醫學創新平臺、廣東省保健食品新功能和安全性評價工程技術研究中心、廣州市新發病毒防治藥物研究重點實驗室、藥學實驗中心和仿制藥一致性評價中心等重點科研平臺。
藥學院師資隊伍實力雄厚，朝氣蓬勃，結構合理。現有正式在編人員102人，專任教師82人，以中青年教師為主體。其中：正高31人，副高37人，中級14人，博士生導師23人，碩士生導師30人，具有博士學位教師占專任教師總數90.12%，具有留學背景的教師占比53.09%。擁有國家杰出青年科學基金獲得者1人，科技部“中青年科技創新”領軍人才1人，“百千萬人才工程”國家級人選2人，中組部優秀青年人才2人，教育部“新世紀優秀人才”1人，享受政府特殊津貼者1人，“中國政府友誼獎”獲得者1人，廣東省醫學領軍人才1人，廣東省“珠江學者”特聘教授1人，廣東省“珠江學者”講座教授2人，廣東省“青年珠江學者”3人，南粵優秀教師3人，廣東省特支計劃“百千萬工程”領軍人才2人，廣東省特支計劃“百千萬工程”青年拔尖人才2人，廣東省“千百十工程”國家級培養對2人，廣東省“千百十工程”省級培養對象2人，廣東省“優秀青年教師培養計劃”7人，廣東省“珠江人才計劃”青年拔尖人才2人，廣州市“珠江科技新星”12人，學校教學名師5人，學校本科教學優秀教師2人，學校優秀教師10人。有多名教師在國內外學術團體任職，包括中國藥理學會抗炎免疫藥理專業委員會主任委員、廣東省藥理學侯任理事長、教育部藥學專業教學指導委員會委員等。
近十年來，學院先后承擔了國家“973”計劃項目、國家自然科學基金重點項目、國家新藥創制重大科技專項、國家艾滋病重大科技專項、粵港關鍵領域重點突破招標項目、教育部重大項目培育基金等國家、教育部、省市級課題400余項，研究經費達2.3億元。在Lancet,NatRevMicrobiol,Blood,ChemSci,Biomaterials,ChemComm,MolPharmaceut,MolPharmacol,JBiolChem等國際著名期刊上發表了SCI論文700余篇，申請和獲得了國家發明專利、國際PCT專利200余項，其中授權近100項。獲廣東省科技進步二等獎1項，三等獎1項，參與獲得國家科技進步二等獎1項，教育部科學研究優秀成果獎一等獎1項，廣東省科學技術一等獎1項，中華中醫藥學會科技一等獎1項。獲廣東省教學成果二等獎1項，國際教育改革項目3項，各級教學研究項目129項，獲教學成果獎13項。
