安徽農業大學馬克思主義學院源于1953年安徽農學院獨立建院之后的馬列主義教研組。1956年10月，學校在全體學生中開設“社會主義思想教育課”。1965年6月，馬列主義教研組由安徽農學院黨委直接領導。“文革”期間，學校下遷宿縣、滁縣、鳳陽辦學。1973年1月，宿縣總院設政治理論教研室，由院黨委直接領導，在滁縣、鳳陽兩個分院設政治理論課小組。1976年設馬列主義教研室，直屬院黨委領導。1979年馬列主義教研室隨學校回遷合肥。1992年11月，馬列主義教研室、德育教研室、大學語文教研室合并成立人文社會科學系。1994年4月，學校成立文理學院，人文社會科學系并入文理學院。1995年3月，安徽農學院更名為安徽農業大學。1998年10月，人文社會科學系成立正處級直屬系，并更名為社會科學部。2002年6月，社會科學部更名為人文社會科學學院。2004年7月成立馬克思主義理論與思想政治教育教研部，副處級建制，隸屬人文社會科學學院。2005年3月，馬克思主義理論與思想政治教育教研部更名為思想政治理論課教研部。2016年5月，思想政治理論課教研部整體劃轉成立馬克思主義學院，為獨立建制的學校二級教學科研機構。2020年11月，成立馬克思主義學院黨總支。
學院2018年獲入選安徽省重點馬克思主義學院，教師黨支部2019年入選首批“全省黨建工作樣板支部”。2020年在原有馬克思主義基本原理和思想政治教育兩個二級碩士學位授權點基礎上獲批馬克思主義理論學科一級碩士學位授權點。現有專任教師53人，其中有教授7人，副教授14人，博士15人，在校碩士研究生150人。學院建有安徽省中國特色社會主義理論體系研究中心安徽農業大學研究基地、安徽農業大學習近平新時代中國特色社會主義思想研究中心。下設馬克思主義基本原理、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、中國近現代史綱要、思想道德與法治、形勢與政策、研究生思想政治理論課等6個教研部，思想政治理論課實踐（網絡）教學、馬克思主義理論學科建設（研究生培養）2個中心。學院負責全校本科生及碩士、博士研究生的思政課教學，馬克思主義理論學科建設、研究生培養工作。
學院成立以來，教師主持獲批國家社科基金3項，教育部高校示范馬克思主義學院和優秀教學科研團隊建設（重點選題）項目1項，其他教育部及省級教學科研項目50余項。在CSSCI期刊及省級以上黨報黨刊上發表論文近50篇。2019年學院主持申報“農林高校研究生思政課‘一懂兩愛’人才培養模式與實踐”獲安徽省教學成果一等獎。學院現擁有6個省級“弘揚核心價值觀名師工作室”、3個省級大規模在線開放課程（MOOC）、1個省級精品線下開放課程、1個省級示范基層教學組織。專任教師中有安徽省高校思想政治理論課教指委委員3人（其中“形勢與政策課”分教指委主任委員1人），安徽省大中小學思政課一體化建設指導委員會委員1人。近年來，專任教師獲得多個省級及以上榮譽、稱號，其中有教育部2016年度“高校思政課教師年度影響力提名人物”1人，省學術和技術帶頭人后備人選1人，省2017年度“高校思政課教師年度影響力人物”1人，省“高校100名卓越教學名師”1人，省級教學名師2人，省級教壇新秀3人，省高校思政工作領軍人才2人，省高校思政工作中青年骨干教師2人。教師獲省級教學比賽一等獎1項、二等獎3項、三等獎4項。
學院堅持“馬院姓馬，在馬言馬”的鮮明導向和辦學原則，按照“六要”標準不斷加強教師隊伍建設，按照“八個統一”積極推進思政課改革創新，引導大學生增強“四個意識”，堅定“四個自信”，做到“兩個維護”，切實做好習近平新時代中國特色社會主義思想“三進”工作，積極打造我校黨的創新理論的宣傳高地、扣好人生第一粒扣子的教育基地、馬克思主義理論的研究陣地、適應時代需求的研究生培養園地、師生和諧健康的溫馨棲息地，努力培養知農愛農新型人才，培養堪當民族復興重任的時代新人，培養德智體美勞全面發展的社會主義建設者和接班人。（數據截止至2021年10月25日）
