南京醫科大學的前身江蘇省立醫政學院在1934年創立伊始即開始了公共衛生教育，是全國最早開辦公共衛生與預防醫學教育的院校之一。1940年設置公共衛生教研室，1953年起招收公共衛生專業本科生，1995年預防醫學系更名為公共衛生學院。現為“公共衛生與預防醫學”一級學科博士學位授權點和博士后科研流動站，江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點；“勞動衛生與環境衛生學”為國家重點學科、“公共衛生與預防醫學”為江蘇省優勢學科、“衛生毒理學”、“流行病與衛生統計學”為江蘇省重點學科；擁有生殖醫學國家重點實驗室、國家環境與人類健康國際聯合研究中心、現代毒理學教育部重點實驗室、江蘇省惡性腫瘤生物標志物與防治重點實驗室、江蘇省腫瘤個體化醫學協同創新中心；擁有國家級人才培養模式創新實驗區和國家級教學團隊，預防醫學專業為國家級一流本科專業建設點、國家級特色專業建設點、江蘇省品牌專業，建有預防醫學國家級實驗教學示范中心、江蘇省公共衛生實踐教育中心。在教育部第四輪全國一級學科評估中，我院“公共衛生與預防醫學”位列A+等級。
學院設有12個學系、7個中心和1個平臺：流行病學系、生物統計學系、職業醫學與環境衛生學系、營養與食品衛生學系、兒少衛生與婦幼保健學系、衛生毒理學系、衛生檢驗與檢疫學系、社會醫學與健康教育學系、衛生信息學系、健康管理學系、微生物與感染學系、精神衛生學系，預防醫學實驗教學中心、公共衛生教學研究中心、出生隊列研究中心、環境與人類健康國際聯合研究中心、全球健康中心、江蘇省醫藥農藥獸藥安全性評價與研究中心、公共衛生突發事件咨詢服務與研究中心，科研共享平臺。現有教職員工208人(含聘用人員41人)，專任教師117人，其中教授47人，副教授36人；博士生導師45人，碩士生導師33人。中國工程院院士1人，享受國務院政府特殊津貼6人，擁有“國家級教學名師”和“江蘇省教學名師”各1人，教育部“長江學者”特聘教授2人、青年學者2人，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”2人，國家杰出青年科學基金獲得者3人，國家優秀青年科學基金獲得者6人，科技部“中青年科技創新領軍人才”1人，其他國家級高層次人才5人，全國優秀博士后1人，全國優秀博士論文獲得者1人，江蘇特聘教授6人，江蘇省“333工程”培養人選28人次（含一層次2人），江蘇省有突出貢獻中青年專家4人，江蘇省杰出青年科學基金獲得者8人，江蘇省優秀青年科學基金獲得者2人。
學院擁有3個本科招生專業：預防醫學（醫學）、衛生檢驗與檢疫（理學）、應用統計學（生物統計學方向，理學），各類在校生1400余人，其中本科生810人，全日制碩士研究生、博士研究生381人，國際學術型研究生19人，國際MPH15人，非全日制公共衛生碩士（MPH）260人，已形成“以預防醫學為主，相關專業協調發展的多專業、多層次人才培養體系”。
學院在教學科研跨越發展的同時，廣泛開展科技服務，形成了“強基礎學科融合，產學研協調發展”的特色優勢，曾榮獲“全國五一勞動獎狀”。
