南京醫科大學藥學院成立于2002年，學院創辦以來，不斷發展壯大，教學管理不斷完善，教育教學質量不斷提高，教學實驗室設施優良，教學、科研、科技開發和社會服務均取得較大成績。
藥學院現有教職員工112人，其中專任教師71人，實驗室技術人員14人，專職行政管理人員10人，在站博士后13人。教師中正副教授40人，博士生導師21人、碩士生導師20人，另有兼職教授26人。現有國家“百千萬”人才1人、國家優秀青年基金獲得者3人、江蘇省杰出青年基金獲得者3人、江蘇省“六大人才高峰”創新團隊2個、江蘇省“雙創團隊”1個、江蘇省“333工程”培養對象5人、江蘇省特聘教授1人、江蘇省“青藍工程”培養對象4人、江蘇省雙創人才3人等。
學院現設有7個學系（化學系、臨床藥學系、臨床藥理學系、藥物化學系、藥物分析學系、藥劑學系、核藥學系）、1個研究所（干細胞與神經再生研究所）、2個省級重點實驗室（江蘇省心腦血管藥物重點實驗室、江蘇省基因藥物技術中心）、1個省級教學示范中心（江蘇省藥學綜合實驗教學示范中心）。涵蓋了化學、藥物化學、藥物制劑學、藥物分析學、藥理學、臨床藥學、天然藥物學等學科。藥學一級學科為江蘇省重點學科，在第四輪教育部學科評估中獲B等級，并入選江蘇高校優勢學科三期建設項目。藥理學科為國家重點學科，藥理毒理學與化學進入ESI數據庫全球研究機構排名前1%。學院設立了藥學一級學科博士后科研流動站，具有藥學一級學科博士學位和碩士學位授權資格。
近年來學院承擔新藥創制科技重大專項、國家自然科學基金重點項目、重大研究計劃項目、優秀青年基金、省自然科學基金重點項目、省杰出青年科學基金在內的重大研究20余項，國家自然科學基金面上及青年基金年均10余項。發表SCI論文年均50余篇，包括NatMed,Circulation,Neuron等國際權威刊物，篇均IF為4.0以上。授權的國內專利年均10項。獲教育部自然科學獎一等獎1項、二等獎1項，江蘇省科技獎一等獎2項，江蘇省教學成果獎二等獎1項。
近年來獲全國優秀博士學位論文提名1篇、江蘇省優秀博士學位論文3篇、江蘇省優秀碩士學位論文6篇、江蘇省優秀本科畢業論文14篇。本科生多次獲全國藥學專業大學生實驗技能競賽、全國大學生藥苑論壇特等獎、一等獎等。
學院在“十三五”期間的總體目標是：全面提高學院在學科建設、人才培養、科學研究、科技開發、科學管理、服務社會上的整體水平，力爭到“十三五”末期，把我院建成有特色，國內知名的藥學院。
